patach and kamatz - which havara is correct

Avraham sees the angels/people who he wants to welcome as guests, and he says:

 וַיֹּאמַ֑ר אֲדֹנָ֗י אִם־נָ֨א מָצָ֤אתִי חֵן֙ בְּעֵינֶ֔יךָ אַל־נָ֥א תַעֲבֹ֖ר מֵעַ֥ל עַבְדֶּֽךָ׃ 

Rashi discusses whether the adnus in the pasuk is a shem Hashem (kodesh) or whether it is chol.

There is a comment of R' Bachyei here that catches the attention of poskim:

אע״פ שנראה שהקמ״ץ והפת״ח הכל דבר אחד ותנועה אחת, אין הדבר כן, אלא שיש הפרש ביניהן במבטא, שהרי תנועת הקמ״ץ גבוהה ועליונה, ותנועת הפת״ח למטה ממנה, כי הקמ״ץ בתיבה יורה על מעלה גדולה ועל דבר שהוא עומד בפני עצמו, אינו נסמך לאחר, כענין ארון שהוא קמו״ץ, ומצינו ארון הברית שהוא בפת״ח, וכן (שמות כג) הנה אנכי שולח מלאך (במדבר כ), וישלח מלאך, שהוא בקמ״ץ, ומלאך הברית הוא בפת״ח, כי הפת״ח נסמך לעולם למה שאחריו, ולא כן הקמ״ץ כי הוא עומד בפני עצמו, ומטעם זה כל אתנחתא וסוף פסוק הוא בקמ״ץ, כי שם עומד לא יסמוך. ומטעם זה בנקוד זה השם לא תמצא פת״ח אלא קמ״ץ, כי המעלה העליונה הגדולה המורה עליונות ושהוא בלתי נסמך לאחר כדבר הנברא, ומפני זה נכתב באל״ף דל״ת כשהוא קדש בקמ״ץ, וכשהוא חול בפת״ח. ומה שכתוב בלוט אל נא אדני, בקמ״ץ, והוא חול, לפי שהוא סוף פסוק. וזהו ההפרש הגדול שיש בתורתנו בין קמ״ץ לפת״ח, כהפרש שיש בין אור לחשך

R' Bachyei writes that the fact that the adnus is spelled with a kamatz at the end instead of a patach indicates that it is kodesh.  And even though, he writes, that these two vowels are easily confused, the truth is that they are different sounds.

Ashkenazi poskim (from Yaavetz down to R' Tzvii Pesah Frank) focus on the distinction R' Bachyei's draws between kamatz and patach, which sefardim and speakers of Ivrit do not articulate -- they pronounce both vowels with the same aahh sound.  These poskim see this as proof that the Ashkenazi havara is correct.  R' Ovadya (Yabi'a Omer vol 6) counters by highlighting the first sentence of the R' Bachyei, ע״פ שנראה שהקמ״ץ והפת״ח הכל דבר אחד ותנועה אחת, where he writes that the two vowels are easily confused.  If you speak havara Ashkenazis, the two sounds are very distinct -- how can they be confused?  R' Bachyei must mean, he writes, that there is only a very subtle difference between the two vowels, a distinction that he claims Sefardim in the know can articulate.  

The last line in the R' Bachyei also draws attention.  He writes that the name adnus in this pasuk is chol:

 וַיֹּ֥אמֶר ל֖וֹט אֲלֵהֶ֑ם אַל־נָ֖א אֲדֹנָֽי׃

The gemara (Shavuos 35) writes that every adnus reference in the Lot episode is chol except for this one!