Did Bnei Ephraim try to leave Egypt early?

In sefer Tehillim (78:9) there is an allusion to a battle fought and lost by Bnei Ephraim, בְּנֵי אֶפְרַיִם נוֹשְׁקֵי רוֹמֵי קָשֶׁת הָפְכוּ בְּיוֹם קְרָב.  Rashi quotes from Chazal that the Bnei Ephraim tried to leave Egypt early and were attacked and killed:

בני אפרים – שיצאו ממצרים בזרוע לפני הקץ ובטחו בגבורתם ובחציהם וסופם הפכו לנוס ביום קרב, כדמפורש בדברי הימים

I think that this Chazal is fairly well known, but less well known is the fact that al pi peshuto, it is not accepted by all.  In Divei haYamim I 7:21 we read:

 וְזָבָד בְּנוֹ וְשׁוּתֶלַח בְּנוֹ וְעֵזֶר וְאֶלְעָד וַהֲרָגוּם אַנְשֵׁי⁠ גַת הַנּוֹלָדִים בָּאָרֶץ כִּי יָרְדוּ לָקַחַת אֶת⁠ מִקְנֵיהֶם

Radak comments:

ולפי דעתי כי ״הנולדים בארץ״ שב לבני אפרים; ולפי שזכר בבני אפרים הנולדים במצרים, והם בניו ובני בניו כמו שאמ׳ ״וירא יוסף לאפרים בני שלשים״ (בראשית נ׳:כ״ג), אמ׳ כי בני אפרים הנולדים בארץ – שהוליד הוא בארץ – ירדו לארץ גת לקחת מקניהם והרגום אנשי גת. וזה היה במדבר; כי בארץ ישראל לא יכול להיות, לפי שאמ׳ ״ויתאבל אפרים אביהם ימים רבים״ (להלן פס׳ כב), ואפרים לא נכנס לארץ, כי לא נכנסו מיוצאי מצרים מבן עשרים שנה ומעלה כי אם יהושע וכלב (במדבר י״ד:כ״ט-ל׳). לפיכך אני אומר כי המעשה הזה היה במדבר או בארץ הגלעד, ועדין אפרים חי; כי זה יכול להיות, כי מכיר בן מנשה היה מכובשי ארץ גלעד (יהושע י״ז:א׳), והנה בני מכיר בן מנשה ילדו על ברכי יוסף (בראשית נ׳:כ״ג). ומה שמוכיח הפיר׳ הזה, כי תמצא מספר בני אפרים בצאתם ממצרים כשנמנו במדבר סיני בשנה השנית ארבעים אלף וחמש מאות (במדבר א׳:ל״ג), וכשנמנו בכניסתן לארץ בערבות מואב בשנת הארבעים לא היו אלא שנים ושלשים אלף וחמש מאות (במדבר כ״ו:ל״ז); ואלו שמונת אלפים שחסרו במדבר הם שהרגו בני גת.

According to Radak, this episode of Bnei Ephraim being killed took place after yetzi'as Mitzrayim while Bn"Y were wandering in the desert.  Interestingly, according to Radak, Ephraim himself was alive still and mourned the death of his grandchildren. This stands in contrast to the Chazal that teaches that the shibud in Egypt started only after all the shevatim died.

The Daat Mikra (ibid) quotes a fascinating comment of R"Y haChassid on the pasuk  כִּי תִקְרֶאנָה מִלְחָמָה וְנוֹסַף גַּם הוּא עַל שֹׂנְאֵינוּ וְנִלְחַם בָּנוּ וְעָלָה מִן הָאָרֶץ.  According to R"Y haChassid, there were members of Bn"Y that stayed behind in Eretz Yisrael while the rest of the family went down to Egypt.  These stragglers worked the land, raised crops, and helped support their brethern in Egypt.  At some point the Bnei Ephraim attempted to build up communities on the border between Egypt and Israel to join these two communities together, and it was the fear of the internal Jewish community uniting with the community outside the borders of Egypt that concerned Pharoah.  R"Y haChassid then quotes a R' Yitzchak mi'Russia who explained that the community in Israel paid a tax to their brothers in Egypt, and the conflict with Pharoah started when Pharoah tried to divert this tax to his own treasury. In either case, it is the failed attempt to link the community in Egypt with that in Eretz Yisrael which the pesukim are referring to.